Phạm Văn Sơn viết:

...Binh sĩ và dân chúng đi theo họ Đoàn bấy giờ chỉ có tính cách tạm bợ, nên sau tiếng quát mắng của Hồ Oai, họ rời ngay hàng ngũ. Ví thử bọn Đoàn Trưng có thành công cũng chỉ được nhất thời mà thôi. Nắm được kinh thành Huế đâu phải là đã nắm được toàn quốc. Lực lượng của vua Tự Đức còn nhiều võ tướng đại thần trung thành...Bảo rằng Trưng dựa vào uy tín của Hồng Bảo, của Tùng Thiện Vương và lòng căm phẫn của dân chúng tại Huế đối với việc xây dựng Khiêm Lăng, là đủ sức mạnh để lôi cuốn nhân tâm cả ba Kỳ thì thật quá nông cạn...[16]

Đỗ Bang đánh giá:

Mặc dù thất bại nhưng cuộc khởi nghĩa cũng đã thể hiện sâu sắc tinh thần yêu nước, yêu nhân dân của Đoàn Hữu Trưng và của một số người tham gia...[17]